В рамках институциональной аккредитации с 31 мая по 2 июня 2016 года Внешней экспертной комиссией НААР проводится оценка деятельности Казахского медицинского университета непрерывного образования. В составе ВЭК работают национальные и зарубежные эксперты из Санкт-Петербургской государственной химико-фармацевтической академии, Казахского Национального медицинского университета имениС.Д. Асфендиярова, Карагандинского государственного медицинского университета и др. Оценка качества деятельности КазМУНО на соответствие стандартам по институциональной аккредитации НААР проводится посредством интервьюирования, анкетирования обучающихся и преподавателей. Кроме работы с целевыми группами, состоятся беседы со слушателями циклов повышения квалификации и переподготовки, резидентами и магистрантами, преподавателями университета, выпускниками и работодателями.