В 2014 году Внешняя экспертная комиссия НААР проводила оценку качества Актюбинского университета имени С. Баишева согласно стандартам институциональной и специализированной аккредитации. По решению Аккредитационного совета агентства 5 образовательных программ были аккредитованы сроком на 5 лет.

В рамках последующих процедур 14 ноября 2016 года в вузе работала экспертная группа по постаккредитационному мониторингу. В ходе визита были проведены встречи с заведующими кафедр в рамках Плана мероприятий по рекомендациям ВЭК, эксперты посетили научные и производственные лаборатории. Работа вуза по дальнейшему развитию образовательных программ продолжается.